雖然效率管理的工具已經行之有年，而且成果不錯，但是還是有許多公司不願使用，很可能是因為一些對於工作效率管理的誤解:

Excel替代
一般公司沒有使用工作效率管理的軟體或是工具，就會使用Excel來替代，但是這樣的軟體在很多方面，功能還是不足。

Excel分頁只能做一般的工作量及效率預測，但是無法做複雜或是更精確的預測，因為預測工作效率，不單單只是要做的事項的工時，跟每日工時一般還有很多因素需要被考慮進去，像是每日的固定工時。

另外Excel或類似的工具，也無法將預算、合約、執行狀態、負責人、合約細節，或是各合作部門的工作進度，尤其是當公司擴張後，各部門的人、事、物都會增加，一般的程式，將無法配合公司擴張後的需求，或是公司其他的改變。

工作效率管理是使用最科學的工具，來協助企業檢視員工的工作量，可以協助企業做過去資料的整理、安排員工的行事曆等，這些資料也將協助企業在做決定時，可以有實際資料來作為參考。

決定策略後，更可以用這樣的工具，來衡量實際的成果，達成預期成果的百分比，讓企業在執行中，或是檢討成效時，都有一個明確的資料可以參考。

以前曾經使用過，但是卻沒有效果
很多企業會表示，以前就是用過這樣的工具，但是效果不彰，其實工具是需要人為的配合，過去有使過這樣的工具，應該重新檢視公司的工作流程，或是ㄧ個商譽良好的工作效率工具供應商。

工作效率管理工具很難實行
因為跟之前公司使用的軟體不同，所以剛開始，很多人會不習慣，企業應有一段時間，讓員工以及工具供應商，一段時間去習慣這樣新的軟體，首先要暸解員工的接受性，為了讓工具，發揮做最大的效益，是些步驟是必須的。